Ketika Ujian tertulis dilaksanakan, Neji menggunakan kemampuan Byakugannya untuk "mencontek secara terhormat" sesuai instruksi pengawas ujian tersebut. Setelah lolos karena Naruto, dia mengikuti ujian kedua yaitu survival. Lee dari Tim Neji sempat membantu tim Naruto yang diserang oleh ninja Oto.
Neji bergabung dengan Naruto untuk mengejar Sasuke yang dibawa oleh
ninja Oto untuk menemui Orochimmaru. Ditengah perjalanan, dia melawan
salah satu ninja yang bernama Kidomaru. Dia menggunakan jaring dari air liur yang bisa mengeras sebagai senjata. Dia juga bisa memanggil ratusan laba-laba
baik besar maupun kecil. Setelah pertarungan sengit dan hampir
merenggut nyawa Neji karena perutnya yang berlubang ditembus panah,
akhirnya dia bisa dikalahkan dan Neji kehilangan kesadaran diri.
Setelah bertemu tim Kakashi, tim Guy berpencar untuk mencabut segel-segel yang ada di lima tempat. Kelima tempat itu bisa dengan mudah ditemukan menggunakan Byakugan milik Neji. Ternyata disetiap segel terdapat perangkap yang menyebabkan munculnya bayangan pencabutnya menjadi orang yang sama persis. setelah selesai, tim Guy mengejar Deidara dan mendesaknya. Deidara lalu meledakkan diri dan selamat melarikan dir
Ketika Nagato
mulai menyerang Konoha, Tim Guy pergi menjalankan misi. Selama pit-stop
di rumah mereka kembali, mereka melihat sejumlah burung tampaknya
melarikan diri dari desa. Mereka bergegas ke desa, Neji menggunakan
Byakugan untuk melihat apa yang dia tahu sebelum kedatangan mereka yang
sebenarnya. Dengan itu, ia melihat Gamabunta dikalahkan, dan memberitahu mereka bahwa konoha hancur. Setelah mereka kembali, mereka menemukan Hinata Hyuga
terluka parah, dan mereka dengan cepat mendapat pertolongan medis.
Ketika mereka kemudian mengetahui bahwa Naruto telah melawan Pain, Neji
bersikeras akan membantunya menghadapi Nagato, meskipun Naruto Uzumaki
tidak ingin ada yang membantunya, Neji mengatakan bahwa itu terlalu
ceroboh untuk Naruto untuk pergi sendirian ketika dia lelah. Meskipun
demikian, ia tetap tinggal di desa, dan menyapa Naruto dengan ninja
lainnya sekembalinya.
Zetsu terbukti sangat tahan terhadap kerusakan dan pertempuran, serta satu Zetsu hampir menjebak Neji dan menyerap beberapa dari chakra nya. Dia menggunakan Juuken] untuk membebaskan dirinya, tapi melihat bahwa Zetsu menyerap sebagian dari chakra nya. Saat pertempuran berkecamuk , Hinata dan Neji berjuang samping dengan samping melindungi punggung masing-masing.
hari sudah menjelang senja setelah hari pertama perang, Neji beristirahat bersama Hinata, Kiba, Akamaru dan Shino. Lelah dari penggunaan jangka panjang Byakugan, Kiba Inuzuka mendesaknya untuk mengunjungi Divisi bantuan medis untuk pengobatan tetapi Neji menolak, dan terus menggunakan Byakugan sampai ia runtuh, menyebabkan Shino dan Hinata untuk mengambil alih tugasnya. Tanpa sepengetahuan Neji, para Zetsu putih yang telah menyerap chakranya sebelumnya mengguna tubuh pengganti dia dan menyusup keruang medis, menewaskan lima ninja medis sebelum dihentikan oleh Sakura Haruno. Neji yang asli dalam kenyataannya masih di medan perang.
Perang hari kedua dimulai, mereka sekali lagi terlibat melawan klon Zetsu yang memiliki jurus menyamar menjadi rekan-rekan mereka. Neji cepat menguasai dia dengan jurus barunya. Namun, kemenangannya hanyalah sementara, sepertinya Kidōmaru menelan mereka dalam teknik perputaran anehnya. Tubuh Neji ditinggalkan dalam keadaan koma sementara jiwanya dikirim ke lokasi baru di mana itu menghidupkan kembali dalam penghalang besar. Di dalam, penduduk mampu bertempur dengan normal. Namun, Sound Four menginformasikan bahwa musuh-musuh mereka dalam waktu, menghentikan aliran chakra tubuh yang sebenarnya mereka akhirnya akan menyebabkan mereka mati. Selain itu, menewaskan Sound Four tidak akan membatalkan teknik ini. Meskipun mengalami kebuntuan diawal, segel kutukan milik Sound Four ditingkatkan lebih kuat dari akumulasi kejahatan mereka, dengan cepat membanjiri ninja Konoha. Melihat itu, Shikamaru mulai sengaja memprovokasi mereka, mengetahui bahwa Naruto yang baru menguasai emosi negatifnya akan mengambil di atasnya. Akhirnya, Naruto menemukan mereka dan menerobos penghalang, sehingga Inoichi, melalui sambungan telepati, untuk melepaskan teknik dan mengembalikan Neji dan yang lain untuk tubuh mereka. Saat terbangun, Hinata langsung memeluk Neji dan menangis dipelukannya.
Kemudian, dihadapkan oleh salah satu ditransformasikan Zetsu, Kiba memanggil keluar kepadanya bahwa Hinata adalah dalam bahaya. Cepat pengiriman shinobi, Neji mengutuk bahwa dia tidak akan membiarkan Hinata ketakutan saat sepupunya yang jatuh ke sisi gunung hanya untuk mengungkapkan sebagai klon Zetsu. Seperti Naruto melewati atas kepala, Neji bertanya-tanya apakah itu benar-benar dia sebelum mengikuti setelah Kiba dan Akamaru. Ia tiba pada waktunya untuk melihat bahwa itu sebenarnya Naruto dan bahwa ia telah melindungi Hinata dari serangan musuh. Setelah memberitahu Kiba dan ninja Iwagakure bahwa ia tidak menyadari bahwa itu adalah dia karena dari perubahan nya dalam penampilan dan tanda tangan chakra. Menuntut bahwa Naruto membuktikan bahwa dia adalah Naruto, Hinata mengatakan tidak ada kebutuhan untuk itu karena dia datang untuk menyelamatkan mereka. Kelompok ini kemudian dikerahkan untuk menyelesaikan sisa musuh. Setelah diberitahu oleh Inoichi Yamanaka bahwa Naruto dan Killer Bee sedang memerangi Madara Uchiha bertopeng, Neji dan Konoha 11 terburu-buru untuk membantunya.
thanks to wikipedia